Toon Hagen (1959) begon zijn orgelopleiding bij Egbert Klein. Vervolgens studeerde hij hoofdvak Orgel aan het Koninklijk Conservatorium te Den Haag. Daar behaalde hij de diploma's Docerend en Uitvoerend Musicus. Tevens studeerde hij kerkmuziek aan dit conservatorium. Aan het Arnhems conservatorium behaalde hij de aantekening improvisatie. Zijn belangrijkste docenten waren Rienk Jiskoot voor orgel en Bert Matter voor improvisatie.
Als cantor-organist was hij achtereenvolgens verbonden aan de Oude Kerk te Zoetermeer en de Dorpskerk te Wassenaar. Sinds 1998 is hij als organist werkzaam in de Grote of Sint-Michaëlskerk te Zwolle, waar hij het beroemde Schnitgerorgel bespeelt.
Hij geeft in genoemde kerk sinds 2004 leiding aan de Michaëlscantorij, die medewerking verleent aan de maandelijkse Michaëlsvieringen in de Grote Kerk en aan een Bachkoor dat meewerkt aan de cantatevieringen in deze kerk.
Daarnaast is Toon Hagen mede-oprichter van het Zwolse orkest Musica Michaelis, een orkest van professionele musici dat ontstaan is uit de cantatevieringen.

Tot juni 2010 was hij eveneens artistiek leider van dit orkest.
Hij voerde met beide koren en het orkest in de Grote Kerk diverse malen het Requiem van M. Duruflé en het Requiem van G. Fauré uit.
Met het Bachkoor werden verder onder zijn leiding al tientallen cantates en het Osteroratorium van J.S. Bach uitgevoerd. Bijzonder is dat er veel jonge mensen bij deze projecten betrokken zijn, zowel in de koren als in het orkest.
Toon Hagen is naast concertorganist actief als privédocent en als componist van orgel- en kerkmuziek. Enkele van zijn composities zijn Shalom & Vater Unser im Himmelreich voor orgel, Magnificat, voor koor en orgel en Psalm 150 voor orgel solo en orgel en zang.

In deze composities probeert hij nieuwe muzikale vormen te integreren in de kerkmuziek. In zijn composities voor orgel en koor neemt het orgel vaak een prominentere rol in dan die van een louter begeleidingsinstrument.
Als concertorganist heeft hij een breed repertoire van zowel de klassieke als hedendaagse componisten, zoals Jan Welmers (Litanie en Music for Organ and Percussions) en Bert Matter. Van de componist Simeon ten Holt bewerkte hij Canto Ostinato voor orgel solo, maar ook voor twee orgels en fluit en voor orgel vierhandig. Hij voerde deze compositie op diverse plaatsen in Nederland uit. De quatre mains-versie werd in november 2009 uitgevoerd in de Domkerk te Utrecht, samen met Jan Jansen.
Zijn orgelspel is inmiddels op een zevental cd's vastgelegd, waarvan vijf maal op het Schnitgerorgel in de Grote Kerk, veelal met werken van J.S. Bach, D. Buxtehude en tijdgenoten. De opnames ontvingen alle zeer positieve recensies.
Zijn laatste cd bevat de uitvoering van Canto Ostinato op het Schnitgerorgel voor orgel solo.